Es una evidencia cada vez más clara que la estructura organizativa clásica de las administraciones públicas tiene, en la actualidad, muchas dificultades para dar respuesta a la aparición de nuevas demandas ciudadanas que no forman parte de la misión o de la competencia de una sola parte de lo que se conoce como el “edificio” de la administración pública. Como consecuencia, son cada vez más las organizaciones públicas que consideran la necesidad de actuar transversalmente como un elemento de cambio organizativo, como una forma de trabajar de manera complementaria y coherente, efecto de múltiples acciones realizadas por agentes diversos en relación con unos objetivos comunes definidos desde el encargo político, para mejorar procesos y resultados. El ámbito del gobierno electrónico no permanece ajeno a esta necesidad y, por ello, es más común en nuestro vocabulario el término de interoperabilidad. A pesar de sus importantes beneficios, la cooperación tecnológica no es fácil. Las iniciativas de interoperabilidad deben frecuentemente hacer frente a grandes retos que no son significativamente diferentes de aquellos que impone la colaboración entre instituciones públicas pero que, sumados a los de carácter tecnológico, constituyen un conjunto significativo de cuestiones a tener en cuenta. Este artículo se refiere a ello. Así, como resultado del análisis de diferentes experiencias internacionales, más allá de los desafíos impuestos por la tecnología, se deja constancia, entre otros, de los aspectos políticos, culturales y organizacionales que pueden condicionar el éxito de los programas de cooperación intra e interadministrativa a través de las TIC.