O presente trabalho analisa o papel das ações transversais na aplicação de recursos dos Fundos Setoriais de Ciência e Tecnologia (CTs), bem como na indução ao financiamento privado à pesquisa, ao desenvolvimento e à inovação. Até a introdução das ações transversais, em meio às modificações na governança do Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDCT) ocorridas em 2004, a definição de diretrizes e a operacionalização dos CTs eram feitas de maneira totalmente compartimentalizada, de responsabilidade exclusiva do comitê gestor de cada um deles, respeitada a legislação aplicável e observadas as diretrizes presentes no documento norteador elaborado no âmbito de cada comitê. Sob o argumento de dar maior organicidade, uniformidade e coordenação aos fundos setoriais, em 2004 houve a criação do Comitê de Coordenação dos Fundos Setoriais (CCFS), unificaram-se os calendários das reuniões dos comitês gestores de cada fundo e instituíram-se as ações transversais. Por meio destas tem sido aplicada pelo menos metade das receitas não contingenciadas do FNDCT que se destinam aos CTs. Contrapondo-se à justificativa declarada para a sua introdução, as ações transversais têm se mostrado, na prática, muito mais um instrumento de pulverização dos recursos dos fundos setoriais do que de efetivação de políticas estratégicas. Pelo menos isto é o que se pode observar quando são confrontados os projetos apoiados e a realocação de recursos engendrada pelas ações transversais com os temas, as áreas e os setores estratégicos estabelecidos pelos documentos oficiais de política. Os dados disponíveis sugerem que elas não proporcionaram, entre 2004 e 2008, nem um redirecionamento dos recursos a temas estratégicos não contemplados por CTs específicos, nem a redistribuição dos recursos entre os CTs existentes, nem maior indução à participação de firmas nos projetos apoiados