El incumplimiento y el abandono a las consultas es un hecho frecuente en las instituciones de salud. Este abandono representa un costo económico alto en cualquier sistema de salud; además del efecto negativo que la deserción puede tener sobre la salud del paciente. El Centro de Atención Nutricional Infantil Antímano (CANIA), no escapa de este problema, haciéndose más notorio en la medida que la demanda de atención se ha incrementado. El objetivo de esta investigación fue determinar los factores asociados a las causas del abandono a las consultas de los pacientes con malnutrición que asistieron al CANIA durante el período 2000-2008. La muestra estuvo conformada por 827 pacientes con evaluación social que abandonaron la consulta y solicitaron reevaluación. Fue un estudio descriptivo, de corte transversal. Las variables estudiadas fueron sociodemográficas, familiares y variables individuales; se utilizaron distribuciones de frecuencias, el test estadístico chi-cuadrado a un nivel de significancia de = 0,05 y Análisis de Correspondencias Múltiples (ACM). Las variables que resultaron asociadas significativamente con las causas de abandono de la consulta fueron: grado de instrucción de la madre, estratificación social según Graffar modificado, ingresos inestables, y el no reconocimiento de la problemática nutricional. Conclusión: las principales causas del abandono fueron las limitaciones familiares, el descuido y los viajes y/o mudanzas; el reconocimiento de la problemática nutricional, debe ser abordado desde el primer contacto con el paciente y su familia; el grado de instrucción de la madre o representante no determina el reconocimiento de los problemas nutricionales como enfermedad.