O artigo apresenta uma avaliação do poder explicativo das teorias neo-institucionalistas da organização e da desorganização econômica das cidades e propõe alternativas institucionalistas (evolutivas ou regulacionistas) a essas teorias. Tendo por referência as teorias econômicas neoinstitucionalistas tal como as define Eggertsson, ou seja, o pensamento de tradição neoclássica, suavizado em suas hipóteses de ausência de restrições institucionais no comportamento econômico, de informação perfeita e de intercâmbio sem custos, examinam-se inicialmente as conseqüências dos custos de transação positivos. Na segunda parte, resumem-se as principais mudanças contemporâneas na organização econômica das cidades, com especial atenção aos seguintes aspectos: o crescimento dos serviços profissionais; a cidade informacional;a cidade transacional; a cidade como base de conhecimentos para as atividades inovadoras industriais e de serviços; a cidade-rede e as redes urbanas. Na terceira parte, analisam-se a cidade transacional e a cidade-rede a partir da economia neo-institucionalista, que explica alguns dos princípios gerais que subjazem às dinâmicas organizativas da economia urbana, tais como a internalização/externalização de atividades, a especialização de mercados, a descentralização de estruturas organizativas, as configurações de redes e seus modelos espaciais. A quarta parte apresenta algumas indicações acerca do modo como se pode melhorar a análise neo-institucionalista do sistema econômico urbano. Finalmente, sugere-se que com uma análise mais integrada da economia urbana, baseada em uma leitura mais ampla das dinâmicas institucionais dos processos econômicos, é possível captar nas cidades relações não-reducionistas com dinâmicas sociais e políticas.